Le sous-sol de l’île Saint Honorat est formé, en majeure partie, de dolomies (roches calcaires contenant du magnésium) d’époque liasique, disposées en nombreux lits parallèles étalés parfois en plaques vaguement horizontales et souvent tourmentées dans le détail.

Ces roches, très dures à l’outil, résistent bien aux assauts des vagues. Elles sont pratiquement imperméables. Néanmoins, la masse est semée de fentes de dislocation, et, à plusieurs niveaux, de minces intercalations marneuses plus ou moins évidées.

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En surface, la roche n’est apparente que de façon discontinue. Elle est souvent recouverte d’un limon argileux rouge sur une épaisseur de 10 à 15 cm environ. Ce limon est capable d’absorber ou de perdre beaucoup d’eau. En période sèche, il peut former par endroit des croûtes qui se rétractent, durcissent et se craquellent. Quand il pleut, l’argile gonfle jusqu’à saturation en donnant une boue gluante superficielle qui s’oppose alors à une pénétration massive de l’eau.

On voit ainsi que sol et sous-sol se conjuguent pour ne retenir qu’une part de la chute d’eau annuelle.

Ce limon argileux est amélioré par les pratiques culturales des moines.

Le climat est de type méditerranéen classique : chaud et tempéré (en raison de la latitude, de l’altitude et de l’influence de la mer) avec des étés longs, chauds et secs, des pluies parfois violentes au printemps et surtout en automne, des gelées rarissimes, une grande luminosité due à l’ensoleillement exceptionnel et un air nocturne chargé d’humidité.

L’île de Saint Honorat bénéficie d’ailleurs de conditions climatiques exceptionnelles grâce à sa situation en plein midi et à la protection exercée par la double ceinture ininterrompue de collines élevées et boisées qui forment un écran.

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